1. Modelado y control de sistemas energéticos. Enfocado a desarrollar proyectos de I+D+i en la optimización del dimensionamiento, operación y control de los sistemas basados en energías renovables y convencionales, que permitan un desarrollo sostenible y sustentable de la industria y de la sociedad a través de procesos productivos más eficientes, integrando éstos en la generación distribuida, micro-redes, tecnología del agua y remediación. Donde estos sistemas vienen a cambiar el paradigma de los sistemas de distribución actuales, requiriendo nuevos sistemas de control distribuido y centralizado que permitan gestionar los sistemas en puntos óptimos de operación, diseño y coordinación de protecciones que garanticen la fiabilidad de los sistemas dentro de los rangos de calidad, desarrollo, costos y estabilidad para el desempeño de una labor en específico.
2. Ciencias aplicadas al agua y la energía. Esta línea tiene como objetivo la formación de recursos humanos con capacidad para realizar investigación original básica y aplicada, desarrollos tecnológicos y generación de proyectos especializados en el campo de las ciencias aplicadas al agua y la energía en alguna de las siguientes áreas: tratamiento de agua, biorremediación, calidad del agua, hidrología, y generación de biocombustibles.
3. Diseño y optimización de materiales avanzados. Actualmente se requiere del desarrollo de nuevos materiales con propiedades optimizadas para aplicaciones en áreas estratégicas de interés nacional e internacional, tales como producción y almacenamiento de energía, purificación de agua, remediación medio ambiental y, haciendo uso de métodos teóricos y experimentales. El diseño de materiales avanzados incide en muchas ciencias aplicadas, convirtiéndose en una línea de generación y aplicación del conocimiento con alto impacto en la formación de nuevos científicos y tecnólogos.